Xây dựng qui trình nhận diện một số giống cà chua đang lưu hành trên thị trường TP.HCM bằng kĩ thuật RAPD

Đề tài do ThS Trần Nguyên Vũ (Trung tâm phát triển Khoa học Công nghệ trẻ TP.HCM) thực hiện vừa được sở KH&CN TP.HCM tiến hành nghiệm thu.

Cà chua là thực phẩm giàu vitamin A,C, nhiều chất dinh dưỡng có lợi cho cơ thể như: caroten, lycopen, vitamin và kali làm giảm nguy cơ tử vong, bệnh tim mạch và ung thư. Hiện nay, TP.HCM có nhiều giống cà chua đang lưu hành trên thị trường: cà chua trong nước, cà chua ngoại nhập, cà chua lai…nên việc xây dựng một công cụ để nhận diện các giống cà chua, thiết lập bản quyền giống cây trồng rất cần thiết.
Đề tài tiến hành xây dựng qui trình nhận diện qua 5 bước: sưu tập cà chua từ các công ty giống trong thành phố, tách chiết và tinh sạch ADN của các giống cà; khảo sát các thành phần phản ứng RAPD để tối ưu hóa phản ứng; giải trình tự nucleotide của marker đặc trưng cho từng giống cà.
Tác giả nghiên cứu với 5 giống cà chua của 3 công ty trong thành phố bao gồm: giống KBT 4, giống số 12, giống SG 2.1 (công ty giống cây trồng TP.HCM; giống T43 (Công ty cổ phần giống cây trồng Miền Nam); Giống TN52 (công ty TNHH TM Trang Nông).
Với phương pháp tách chiết và tinh sạch AND – phương pháp quen thuộc trên thế giới nhưng thay đổi một số điều kiện, đề tài cho thấy, có hai mẫu cà chua đạt độ tinh sạch cao nhất là 91,67% (Giống số 12 , giống T43).
Tiếp đó, để nhận diện các cá thể phân tử ở mức độ AND, tác giả đã sử dụng kĩ thuật RAPD. Đây là một kỹ thuật đơn giản, cần lượng DNA ít và không đòi hỏi biết trước trình tự DNA của các giống cà, đã được sử dụng nhiều trên thế giới. Cơ sở của kỹ thuật là sự khuếch đại của các primer ngẫu nhiên trên DNA khuôn. Hai loài có DNA bộ gen khác nhau sẽ cho kết quả RAPD khác nhau. Sự khác nhau này thể hiện tùy thuộc vào việc sử dụng primer thích hợp. Ngoài ra, RAPD cũng là một phương pháp nhận diện nhanh, giá thành rẻ và đáng tin cậy.
Kết quả khảo sát RAPD cho thấy, có 2 primer không cho kết quả tốt (OPA 6 và OPA 15); 1 primer chỉ cho vạch ở 02 giống cà (OPA 16); 1 primer cho vạch ở 03 giống cà (OPA 17); 4 primer cho vạch ở 4 giống cà (OPA 8, OPA 9, OPA 10, OPA 14). Để nhận diện các giống cà chua, tác giả cho rằng, thích hợp nhất là sử dụng OPA 7, OPA 19. Nhưng để kết quả chính xác hơn, cần kết hợp với OPA 1, OPA 2.
Theo đánh giá của Hội đồng nghiệm thu, đề tài đã đáp ứng được nhu cầu thực tế về nhận diện giống cà chua, giải quyết vấn đề bản quyền giống tuy bước cuối cùng trong qui trình - giải trình tự nucleotide của marker đặc trưng cho từng giống cà chưa thực hiện được (do máy móc chưa đáp ứng).