Đặc điểm của công cuộc CNH và HĐH hiện nay là sự gắn bó chặt chẽ giữa KH&CN với sản xuất. Gắn kết nghiên cứu với sản xuất sẽ có tác dụng thúc đẩy các DN quan tâm tới hoạt động KH&CN một cách bền vững ngay tại mỗi địa phương. 
Thị trường KH&CN nước ta hiện nay còn khá sơ khai và đang trong quá trình xây dựng. Do đó, vai trò quản lý KH&CN địa phương phải tích cực đóng góp vào việc thúc đẩy tạo lập thể chế thị trường: tạo môi trường pháp lý, khuyến khích hình thành và phát triển các cơ quan môi giới thị trường, khuyến khích phát triển cung - cầu về hàng hoá công nghệ... Hàng năm, Nhà nước dành khoảng 2% ngân sách nhà nước chi cho KH&CN để bố trí cho hoạt động KH&CN địa phương. Số kinh phí này được phân bổ vào tổng chi ngân sách TƯ hỗ trợ địa phương hoặc cân đối trong số chi ngân sách TƯ để lại cho địa phương. Theo thống kê bình quân trong ba năm từ 2006-2008, các tỉnh, thành trong cả nước đã giải ngân cho ngân sách cho KH&CN được 83,9%, còn lại 16,1% kinh phí của KH&CN được dành cho các họat động khác không hoặc ít thuộc lĩnh vực KH&CN.
Đổi mới nguồn tài chính cho KH&CN địa phương TS Hồ Ngọc Luật - Vụ trưởng, Trưởng ban KH&CN địa phương (Bộ KH&CN), cho biết, tài chính cho KH&CN bao gồm nhiều nguồn, trong đó nguồn cơ bản nhất là được cân đối từ ngân sách nhà nước theo Luật Ngân sách. Trước năm 1996, kinh phí hoạt động cho KH&CN địa phương được phân bổ trên cơ sở kế hoạch hoạt động KH&CN các tỉnh, TP thống nhất với Bộ KH,CN&MT. Luật Ngân sách Nhà nước năm 2006 quy định, kinh phí họat động KH&CN địa phương được Bộ KH,CN&MT thống nhất với Bộ Tài chính và UBND các tỉnh về con số phân bổ. Luật Ngân sách nhà nước năm 2002 sửa đổi chi tiết trong chi đầu tư phát triển và chi thường xuyên có mức chi cụ thể cho các lĩnh vực giáo dục và đào tạo, KH&CN và dự toán chi ngân sách địa phương. Và từ năm 2004 trở đi không còn khả năng bổ sung hoặc cân đối bổ sung các nhiệm vụ KH&CN của các địa phương từ TƯ. Cho đến nay, ngoài nguồn ngân sách nhà nước, các địa phương gần như chưa tổng hợp được thực trạng đầu tư, hỗ trợ của các nguồn tài chính khác cho hoạt động KH&CN địa phương. Do đó, ngoài nguồn ngân sách nhà nước dành cho sự nghiệp KH&CN, các địa phương còn có thể khuyến khích các DN đầu tư cho KH&CN. Tuy nhiên, do điều kiện kinh tế xã hội, do trình độ sản xuất và nhu cầu về hoạt động KH&CN, nhất là thói quen tư duy theo lối hành chính, bao cấp, trình độ nhận thức về mô hình tổ chức và phương thức họat động của quỹ phát triển KH&CN nước ta cho nên đến nay mới chỉ có khoảng 20 tỉnh, TP lập được quỹ này.
Cần đổi mới cơ chế và chính sách Theo TS Hồ Ngọc Luật, công tác quản lý tài chính KH&CN ở địa phương thời gian qua đã tập trung đổi mới một số nội dung chủ yếu: Quản lý chế độ chi tiêu, phương thức xét duyệt và cấp kinh phí đề tài, chính sách tài chính hỗ trợ DN hoạt động KH&CN, áp dụng cơ chế tài chính mới cho đơn vị sự nghiệp KH&CN có thu… Nhiều địa phương đã chú ý đến việc hỗ trợ kinh phí cho các DN. Các hỗ trợ này tập trung vào việc hướng hỗ trợ thay vì bao cấp hoàn toàn, nhằm vào một số địa chỉ có triển vọng thay vì phân phối dàn trải cho toàn bộ các DN, không phân biệt DN thuộc thành phần kinh tế. Theo kiến nghị của Vụ trưởng, Trưởng ban KH&CN địa phương, cần chỉ đạo cho thử nghiệm đổi mới cơ chế tài chính của hoạt động KH&CN theo hướng thay cơ chế hành chính hiện nay bằng cơ chế hành chính sự nghiệp để tạo động lực cho các tổ chức sự nghiệp KH&CN hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm. Và cần sớm tháo gỡ những khó khăn về huy động các nguồn lực cho phát triển KH&CN các tỉnh, TP như: Triệt để dành ít nhất mức chi ngân sách hàng năm cho KH&CN được cân đối từ TƯ theo Luật Ngân sách (bao gồm ngân sách sự nghiệp khoa học và vốn đầu tư phát triển); Thành lập và tạo điều kiện thực sự để Quỹ phát triển KH&CN hoạt động, vận hành có hiệu quả; Có cơ chế để khuyến khích, ràng buộc các DN thực hiện tốt việc trích lập Quỹ Phát triển KH&CN theo Luật Thuế thu nhập DN. Ngoài ra, ông Luật cũng cho rằng, cần tăng cường vai trò chủ động của các sở KH&CN tại các địa phương, xây dựng cơ cấu hợp lý và xác định các loại hình nhiệm vụ KH&CN phù hợp các chương trình, mục tiêu phát triển kinh tế-xã hội của địa phương. Trưởng ban KH&CN địa phương cũng kiến nghị sớm nghiên cứu sửa đổi Luật Ngân sách nhà nước nhằm tăng cường đầu tư, tập trung quyền hạn và trách nhiệm của cơ quan quản lý nhà nước về KHNC trong đầu tư phát triển các ngành khoa học, các nhiệm vụ trọng điểm quốc gia, các nhiệm vụ KH&CN có tính liên vùng, liên lĩnh vực, có ảnh hưởng đột phá đến sự phát triển kinh tế-xã hội của đất nước. Đội ngũ quản lý nhà nước về KH&CN địa phương hiện nay là 4.140 người. Trong đó, số biên chế là 3.138 người, số có trình độ đại học, cao đẳng là 2.627 người (chiếm 63,5%), số có trình độ trên đại học là 269 người (chiếm 6,5%). Bình quân số cán bộ của các sở KH&CN khu vực miền núi phía bắc là thấp nhất, chỉ có 46,6 người, trong khi đó các tỉnh, TP vùng Đông Nam Bộ là 102,3 người, cao nhất; vùng Đồng bằng sông Hồng và Bắc Trung Bộ có số bình quân cao thứ hai với con số 71,71 người. Nguồn nhân lực KH&CN ở các địa phương được tập hợp từ nhiều nguồn đào tạo, hình thành trên cơ cấu ngành nghề không đồng bộ, số lượng cán bộ làm công tác nghiên cứu và triển khai còn quá mỏng, trình độ chưa tương xứng với nhu cầu phát triển kinh tế-xã hội của địa phương.